В 90-х годах двадцатого века тюменская команда «Подарки» во главе с форвардом Александром Поповым выиграла едва ли не все возможные любительские мини-футбольные турниры. На ее базе в 1999 году и был основан мини-футбольный клуб «Сибнефтепровод».

Дата рождения клуба — 30 августа 1999 года. Именно в этот день «Сибнефтепровод» провел свой первый официальный матч. В рамках предварительного этапа Кубка России в Челябинске тюменцы уступили московскому «Спартаку-Минкасу» — 1:6. Первый гол в истории клуба забил Денис Абышев.

Свои выступления в рамках первенства России «Сибнефтепровод» начал с турнира первой лиги, который тюменцы выиграли со второй попытки, завоевав путевку в высшую лигу.
Добившись повышения в классе клуб лишился титульного спонсора и обрел свое нынешнее название — «Тюмень». С 2001 года «Тюмень» — бессменный участник чемпионатов страны в элитном дивизионе.

В сезоне 2009/10, в год своего 10-летнего юбилея команда добилась наивысшего результата в своей истории — 2-е место в Чемпионате России. Еще одно максимальное достижение команды в Кубке России было показано в этом сезоне — команда вышла в финал, где в тяжелой борьбе уступила одному из грандов — московскому «Динамо-Ямал».

Президент и основатель МФК «Тюмень» Александр Попов, кроме того, в течение нескольких лет выполнял тренерские функции. Также с командой работали наставники Александр Вишневецкий, Ренат Камалетдинов, Наиль Закеров, Александр Гуржеев, Андрей Комаров, чемпион Европы и России, обладатель Межконтинентального Кубка Темур Алекберов. В 2009 году на роль главного тренера был приглашен специалист из Бразилии — Бето. Именно под его руководством «Тюмень» впервые завоевала медали чемпионата.

На протяжении всей истории в вопросах формирования команды предпочтение отдавалось местным воспитанникам. Ветеран команды Денис Абышев несколько лет подряд призывался в национальную сборную, в ее составе стал серебряным призером Чемпионата Европы, кроме того, завоевывал золотые и бронзовые награды Чемпионата мира среди студентов. Чемпионом мира стал и голкипер команды Георгий Замтарадзе. Также в национальную сборную призывался Николай Переверзев. В молодежной команде силы пробовали Олег Исаев, Артур Цыба, Андрей Кардаков, Ильдар Нугуманов, Иван Милованов, Владимир Рябинин. Последние трое в декабре 2008 года в составе российской молодежной команды стали Чемпионами Европы.

За «Тюмень» выступали игроки других национальных сборных. Первопроходцами были чешские футболисты Вит Блажей, Ян Клима и Зденек Слама, а также голкипер сборной Грузии Звиад Купатадзе, имеющий сейчас российское гражданство. Выступали за сборную Бразилии Эрик, Вандер Кариока. Шуша — действующий игрок латиноамериканской сборной.

МФК «Тюмень» за годы работы сумел выстроить полноценную цепочку подготовки молодых футболистов. Практически с самого основания в команде существует команда дублёров, в 2007 году появился фарм-клуб команды — «Тобол-Тюмень-2» (Тобольск), выступающий в Высшей лиге чемпионата России. С 2005 года работает детская школа. Результаты не заставили себя ждать. В 2007-м году команда дублеров под руководством тренера Николая Иванова выиграла чемпионат России в уральской группе первой лиги. Такого же результата удалось добиться и обновленному составу в 2009-м году с тренером Евгением Осинцевым.

С появлением в 2007 году команды «Тобол-Тюмень-2» профессиональный мини-футбол пришел в Тобольск. В первый же год своего существования команда сумела выиграть бронзовые медали чемпионата.

Развитие мини-футбола на всей территории региона — такую цель ставит перед собой мини-футбольный клуб «Тюмень».